En effet, les différents acides aminés protéinogènes ont certaines propriétés communes en fonction desquelles il est possible de les répartir en différentes catégories. Par exemple, la leucine, l'isoleucine et la valine sont des acides aminés ramifiéshydrophobesaliphatiques de masse molaire voisine. De même, l'acide aspartique et l'acide glutamique ont une chaîne latérale compacte et chargée négativement. L'effet d'une substitution conservatrice sur la fonctionnalité d'une protéine est souvent plus réduit que celui d'une substitution non conservatrice. Les substitutions conservatrices s'observent ainsi plus souvent dans les génomes que les substitutions non conservatrices, ces dernières étant généralement éliminées par la sélection naturelle en raison de leurs effets délétères.
↑(en) Tal Dagan, Yael Talmor et Dan Graur, « Ratios of Radical to Conservative Amino Acid Replacement are Affected by Mutational and Compositional Factors and May Not Be Indicative of Positive Darwinian Selection », Molecular Biology and Evolution, vol. 19, no 7, , p. 1022-1025 (PMID12082122, DOI10.1093/oxfordjournals.molbev.a004161, lire en ligne)