Conserved Domain Database

A Conserved Domain Database ou CDD (Base de datos de Dominios Conservados) é unha base de datos de modelos de aliñamentos de secuencias múltiples ben anotados e modelos de busca en bases de datos derivados, de dominios proteicos antigos evolutivamente e proteínas completas.^[1] Entre os contidos da CDD están os modelos de dominios curados manualmente do NCBI e modelos de dominios importados de varias bases de datos de fontes externas (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAMs). É característico dos dominios curados polo NCBI que usen información de estruturas en 3D para definir explicitamente as fronteiras entre dominios, aliñar bloques, emendar detalles de aliñamentos, e proporcionar unha panorámica das relacións entre secuencia, estrutura e función. Os modelos curados manualmente están organizados xerarquicamente cando describen familias de dominios que están claramente relacionados por teren un antepasado común. Para que os datos non sexan redundantes, a CDD agrupa os modelos de dominios procedentes de varias fontes en superfamilias.

1. ↑ Marchler-Bauer, A.; Zheng, C.; Chitsaz, F.; Derbyshire, M. K.; Geer, L. Y.; Geer, R. C.; Gonzales, N. R.; Gwadz, M.; Hurwitz, D. I.; Lanczycki, C. J.; Lu, F.; Lu, S.; Marchler, G. H.; Song, J. S.; Thanki, N.; Yamashita, R. A.; Zhang, D.; Bryant, S. H. (2012). "CDD: Conserved domains and protein three-dimensional structure". Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D348–D352. PMC 3531192. PMID 23197659. doi:10.1093/nar/gks1243.