En bioloxía, un fagolisosoma ou endolisosoma é un corpo citoplasmático formado pola fusión dun fagosoma cun lisosoma nun proceso que ocorre durante a fagocitose. Trátase dun tipo de lisosoma secundario. A formación de fagolisosomas é esencial para a destrución intracelular de microorganismos e patóxenos. Ten lugar cando as membranas do lisosoma e fagosoma 'chocan', momento no que o contido do lisosoma (primario), incluíndo os seus encimas hidrolíticos, se descarga dentro do fagosoma e dixire as partículas que foron inxeridas e están dentro do fagosoma. Algúns produtos da dixestión son materiais útiles e pasan ao citoplasma, mentres que outros son expulsados por exocitose.
A fusión das membranas do fagosoma e o lisosoma está regulada pola proteína Rab5,[1] un tipo de proteína G que permite o intercambio de material entre estes dous orgánulos, pero impide a fusión completa das súas membranas.[1]