A heterocromatina é unha forma moi empaquetada da cromatina. Cando a cromatina está pouco empaquetada recibe o nome de eucromatina. Hai dúas variedades de heterocromatina chamadas constitutiva e facultativa, cunha gradación intermedia entre elas. A heterocromatina xoga un importante papel na expresión xénica, xa que a heterocromatina constitutiva pode afectar aos xenes que están preto dela (variegación por efecto de posición) e a heterocromatina facultativa comprende xenes que son silenciados por medio dun mecanismo como a desacetilación de histonas ou por ARN que interacciona con piwi por medio de interferencia de ARN. A heterocromatina constitutiva é xeralmente repetitiva e desempeña funcións estruturais como formar parte de centrómeros ou telómeros, ademais de actuar como un atractor para outros sinais de represión ou de expresión xénica, pero non se transcribe. A heterocromatina facultativa non é repetitiva e, aínda que tamén ten unha estrutura compacta, pode perder a súa compactación cando recibe sinais específicos do seu ambiente ou de desenvolvemento, e facerse transcricionalmente activa.[1] A heterocromatina foi asociada coa di- e trimetilación da H3K9 en certas porcións do xenoma.[2]