PubChem הוא בסיס נתונים כימי ענק המכיל גם מידע אודות ההשפעות הביולוגיות של החומרים על אורגניזמים.
המאגר מנוהל על ידי המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי (NCBI) של ארצות הברית, שהוא חלק מהמכונים הלאומיים לבריאות (NIH).
המאגר הועלה לאוויר בשנת 2004, והוא נגיש לציבור הרחב, ללא עלות, באמצעות אתר האינטרנט PubChem.
המאגר מחזיק במידע אודות תרכובות כימיות המכילות עד 1000 אטומים.