Moldavija je smještana u jugoistočnoj Europi, graniči s Rumunjskom na zapadu i Ukrajinom (te s Pridnjestrovskom Moldavskom Republikom) na sjeveru, jugu i istoku. Većina njezinog teritorija nalazi se između dviju rijeka Dnjestra i Pruta. Dnjestar čini mali dio granice s Ukrajinom na sjeveroistoku i jugoistoku, ali uglavnom teče kroz istočni dio zemlje, odvajajući Besarabiju i Pridnjestrovlje. Prut čini cijelu zapadnu granicu s Rumunjskom. Dunav dotiče moldavsku granicu na svom najjužnijem dijelu i čini granicu samo 200 metara.