Akademi Kepausan Santo Thomas Aquinas (nama aslinya dalam Bahasa Latin, menurut ayat 1 dalam statuta-nya: Pontificia Academia Sancti Thomae Aquinatis) didirikan pada tanggal 15 Oktober 1879 oleh Paus Leo XIII. Prefek pertamanya adalah Kardinal Giuseppe Pecci (1879-1890), seorang ahli Thomas Aquinas (Thomist) di jamannya. Akademi ini adalah salah satu dari beberapa yayasan Thomist di kota-kota seperti Bologna, Freiburg (Swiss), Paris dan Lowden. Akademi ini kemudian diresmikan oleh Paus Pius X melalui surat apostolik-nya tanggal 23 Januari 1904 dan dikembangkan oleh Paus Benediktus XV pada tanggal 31 Desember 1914. Paus Yohanes Paulus II mereformasi akademi ini pada tanggal 28 Januari 1999 melalui surat apostoliknya Inter munera Academiarium,[1] yang diterbitkan tak lama setelah ensiklik-nya Fides et Ratio.
Akademi Kepausan Santo Thomas Aquinas sementara berpusat di Casina Pio IV di kota Vatikan.
Tujuan-tujuannya sebagaimana dinyatakan dalam Buku Tahunan Akademi (tahun 2007) adalah sebagai berikut:
Presiden akademi saat ini adalah Monsinyur Lluís Clavell dari ordo Opus Dei, yang menggantikan Edward Kaczyński, O.P. di bulan Juni 2009. Sekretarisnya saat ini adalah Uskup Marcelo Sánchez Sorondo.
Hingga tahun 1965 jabatan presiden akademi ini dipegang oleh sekelompok kardinal. Paus Paulus VI mengangkat kardinal tunggal pertama untuk menjadi presiden akademi ini, Kardinal Michael Brown, O.P. Setelah wafatnya pada tahun 1971, posisi prosiden ini menjadi kosong hingga ditunjuknya Kardinal Luigi Ciappi, O.P. pada tahun 1979. Setelah wafatnya pada tahun 1996, akademi ini direformasi. Jabatan presiden akademi tidak lagi diserahkan kepada seorang Kardinal dan periode jabatannya menjadi lima tahun. Abelardo Lobato, O.P. menjadi presiden tahun 1999-2005.