Bendera Komoro diadopsi pada tahun 2001. Bendera-bendera sebelumnya selalu memiliki bulan sabit putih dengan latar belakang hijau (kecuali satu berlatar belakang merah). Desain bendera yang baru tetap menggunakan bulan sabit namun ditaruh di sebuah segitiga sama sisi hijau di sisi tiang bendera. Empat garis warna melambangkan keempat pulau negara tersebut: kuning untuk Mohéli, putih untuk Mayotte (diklaim oleh Komoro namun diperintah oleh Prancis), merah untuk Anjouan, dan biru untuk Komoro Besar. Keempat bintang putih di samping bulan sabit putih juga melambangkan keempat pulau tersebut.