Hubungan Indonesia dengan Takhta Suci Vatikan sudah berlangsung sejak zaman Hindia Belanda. Walaupun kebanyakan orang Eropa di Indonesia menganut ajaran Protestan, tetapi ajaran Katolik mulai berkembang pada abad ke-19. Hubungan resmi antara Republik Indonesia dengan Vatikan dimulai pada tahun 1950 dengan status Internunciatur Apostolik. Barulah pada bulan Desember 1965, status ini diubah menjadi Nunciatur Apostolik.