Mikrotom adalah alat yang digunakan untuk mengiris spesimen biologi menjadi bagian yang sangat tipis agar dapat diperiksa di bawah mikroskop. Mikrotom memainkan peran penting dalam bidang histologi, patologi, dan sitologi, karena memungkinkan analisis detail struktur jaringan hewan atau tumbuhan.
Pisau yang digunakan pada mikrotom dapat terbuat dari baja, kaca, atau berlian, tergantung pada jenis spesimen dan ketebalan sayatan yang diinginkan. Ketebalan potongan dapat berkisar antara 1 hingga 200 milimikron, tergantung pada kebutuhan penelitian atau diagnosis.