Le fessure branchiali o solchi faringei sono delle strutture morfologiche presenti in alcuni gruppi di deuterostomi: i cordati (vertebrati, cefalocordati e urocordati) e gli emicordati[1].
Questo carattere è stato talvolta considerato come una sinapomorfia di un clade dei faringotremati, ma la filogenesi molecolare e alcuni caratteri morfologici hanno portato al raggruppamento degli echinodermi e degli emicordati all'interno del clade degli ambulacrari[2]. Pertanto, la presenza di fessure branchiali può essere considerata come un carattere ancestrale (plesiomorfia) dei deuterostomi.
Sono presenti nell'uomo agli inizi del suo sviluppo embrionale verso la V-IX settimana di sviluppo in utero.
Questi solchi sono delle strutture transitorie costituite da ectoderma situato davanti agli archi branchiali.