Joseph Eggleston Johnston (Farmville, 3 febbraio 1807 – Washington, 21 marzo 1891) è stato un generale statunitense. Ufficiale nell'US Army divenne generale nell'esercito degli Stati Confederati durante la guerra civile americana.
Malgrado ne fosse stato il sostenitore più autorevole per il grado militare di generale dell'esercito regolare che già poteva vantare nel momento della secessione, Joseph Eggleston Johnston vide lucidamente tutti i punti deboli di quella grave decisione e gran parte dei pericoli che si sarebbero incontrati e, nei suoi conflitti con il vertice confederato (in particolare col Presidente degli Stati Confederati d'America, Jefferson Davis), Johnston dimostrò la sua fine intelligenza politica, riuscendo a considerare la sua responsabilità ben oltre il limite del puro e semplice settore militare che gli competeva.