Il microbiota umano è l'insieme di microorganismi simbionti che convivono con l'organismo umano senza danneggiarlo.
Il microbiota umano è un buon esempio di mutualismo: cooperazione tra differenti tipologie di organismi che apporta un vantaggio ad ognuna di esse. Con microbiota si intende l'insieme di microrganismi vero e proprio, mentre con il termine microbioma si fa riferimento al patrimonio genetico del microbiota[1] .