La seconda guerra cecena fu un conflitto armato combattuto tra il 1999 e il 2009 in territorio ceceno dall'esercito della Federazione russa, per riottenere il controllo dei territori conquistati dai separatisti ceceni.
Il conflitto ha avuto inizio con una invasione in territorio russo, in particolare nella repubblica del Caucaso settentrionale del Daghestan, da parte dei gruppi delle Brigate Internazionali Islamiche (miliziani non inquadrati nell'esercito nazionale ceceno), e come rappresaglia da parte russa degli attentati terroristici avvenuti nelle città russe di Bujnaksk, Mosca e Volgodonsk, dei quali il governo russo accusò i ribelli ceceni. I risultati ribaltarono completamente l'esito della prima guerra cecena, nella quale la maggioranza del territorio ceceno divenne parte dell'autoproclamatasi Repubblica cecena di Ichkeria. Nonostante il conflitto sia considerato a livello internazionale come una lotta intestina all'interno della Federazione russa, esso ha attirato numerose bande di guerriglieri appartenenti alla Jihād islamica, che combatterono al fianco dei separatisti ceceni. All'inizio della campagna le forze militari russe ed i gruppi paramilitari dei lealisti ceceni hanno affrontato i separatisti ceceni e, dopo un lungo assedio durante l'inverno del 1999, sono riusciti a riconquistare la capitale Grozny.
Nel maggio del 2000 le truppe della Federazione Russa hanno ristabilito il controllo sul territorio ceceno dopo un'imponente campagna su vasta scala, scatenando tuttavia l'insorgere di focolai di guerriglia nella regione del Caucaso settentrionale, provocando gravi perdite fra le truppe russe e sfidando il processo di ripristino dell'autorità russa sul territorio ceceno. Purtroppo l'acuirsi e l'inasprirsi di questo conflitto ha comportato il mancato rispetto dei diritti umani da entrambe le parti, con la conseguente condanna della comunità internazionale. Nonostante l'esercito della Federazione Russa ed i suoi alleati lealisti ceceni abbiano notevolmente indebolito la presenza dei ribelli, tuttavia questi ultimi nella regione del Caucaso settentrionale hanno sostituito al conflitto aperto la tattica della guerriglia e del terrorismo, spingendosi anche nelle regioni circostanti. L'esatta stima delle perdite di questa guerra è tuttora sconosciuta, anche se fonti non ufficiali contano un numero di circa 25.000 - 50.000 vittime tra morti, feriti e dispersi, molti dei quali tra i civili.
Il 16 aprile 2009 (alcune fonti riportano il 18 aprile) le operazioni contro il terrorismo in Cecenia sono state dichiarate ufficialmente concluse[2].