Ioannes II e familia Comnenorum (Graece Ἰωάννης Κομνηνός; natus anno circiter 1262; mortuus 1297) fuit imperator Trapezuntinus Fuit filius Manuelis I quam ex Irene Syricaena genuit.
Fratre Georgio Tauridi iussu chani Abaqa incarcerato, Ioannes mense Iunio anni 1280 imperio successit. Anno 1282 Constantinopolin iit ibique in matrimonium duxit Eudociam Palaeologinam, filiam imperatoris Byzantini Michaelis VIII uxorisque suae Theodorae Ducaenae Batatzaenae. Eo tempore rex Georgiae David VI Trapezuntem obsedit, malo successu, et paullo postea (anno 1284) sororem Ioannis Theodoram ad imperium usurpandum incitavit; quae anno 1285 debellata est.
Ioannes ex uxore genuit filios duos, Alexium, patris successorem, et Michaelem, qui annis 1341 et 1344-1349 imperavit. Tempore Ioannis II familia regnatrix imperii Trapezuntini nomen "Magnus Comnenus" (Graece Μέγας Κομνηνός) adoptavit.