Taksonomija (sengrieķu: ταξινομία, no τάξις (taxis) — 'izvietojums noteiktā kārtībā' un -νομία (nomia) — 'likums') nodarbojas ar dzīvo organismu klasifikācijas metodoloģiju.[1] Tās uzdevums ir sadalīt dzīvos organismus grupās — taksonos un izvietot tās tādā kārtībā, kas atspoguļo to hierarhiju (no vienkāršākajiem līdz sarežģītākajiem) un radniecības pakāpi (sugu, ģinšu, dzimtu utt. līmenī), pamatojoties uz savstarpējās līdzības pakāpi. Ir vairākas metodes, kas nosaka organismu grupas relatīvo stāvokli kopējā sistēmā. Filoģenētiskā metode nosaka radniecīgās saites ar salīdzinošās anatomijas un paleontoloģijas palīdzību. Ģenētiskā metode nosaka radniecības pakāpi, salīdzinot organismu DNS ģenētiskā līmenī. Vēl ir kladistiskā u.c. metodes.