Capillaire elektroforese (CE) is de naam van een aantal analytisch-chemische scheidingstechnieken, waarbij een te scheiden mengsel onder invloed van een elektrisch veld door een capillair geleid wordt.
De bekendste variant van CE is capillaire zone-elektroforese (CZE): als er over CE wordt gesproken, wordt eigenlijk vaak CZE bedoeld. Andere CE-technieken[1] zijn onder meer capillaire isotachoforese (ITP), capillair iso-elektrisch focusseren (CIEF), capillaire elektrochromatografie (CEC) en micellaire elektrokinetische chromatografie (MEKC). De laatste twee technieken zijn voor een belangrijk deel gebaseerd op chromatografische principes. Genoemde technieken worden met name gebruikt voor het analyseren van biologische preparaten zoals eiwitmengsels.
Capillaire elektroforese is een alternatief voor gel-elektroforese. Een voordeel van CE is dat het ook in zeer kleine capillairen kan worden uitgevoerd, soms met een diameter van enkele micrometers.[2] Dat maakt het mogelijk om monsters met een volume in de orde van een picoliter te scheiden. CE is al diverse malen gebruikt om de inhoud van een enkele cel te scheiden.[3] Ook wordt CE gebruikt om scheidingen uit te voeren op een microfluidische chip.[4]