De Codex Borgia (of Codex Yoalli Ehecatl) is een Meso-Amerikaans ritueel en profetisch manuscript. Men gaat ervan uit dat het is geschreven vóór de Spaanse verovering van Mexico, in wat nu zuidelijk of westelijk Puebla is.
De Codex Borgia is gemaakt van dierenhuiden en gevouwen in 39 bladzijden. Elke pagina is een vierkant van 27 cm bij 27 cm, de totale lengte is ongeveer 11 meter. Alle bladzijden, behalve de eerste en de laatste, zijn aan beide zijden beschilderd. In totaal zijn er dus 76 beschilderde pagina’s. De codex wordt van rechts naar links gelezen.
De codex is vernoemd naar de Italiaanse kardinaal Stefano Borgia, die het manuscript in zijn bezit had, alvorens het in de Biblioteca Apostolica Vaticana terechtkwam. In 2004 stelden Maarten Jansen en Gabina Aurora Pérez Jiménez voor om de codex de inheemse naam Codex Yoalli Ehecatl, Nahuatl voor "Nacht en Wind", te geven, dit ondanks het feit dat niet vaststaat of de oorspronkelijke makers Nahua's waren.[1]
De Codex Borgia werd in de vroege Spaanse koloniale periode naar Europa gebracht, waarschijnlijk naar Italië. Hij werd in 1805 ontdekt door Alexander von Humboldt in de nalatenschap van kardinaal Stefano Borgia.