Denitrificatie is een belangrijk proces in de stikstofkringloop waarbij bacteriën nitraat omzetten in stikstofgas. Hierdoor kan deze vorm van stikstof niet langer door planten gebruikt worden. Denitrificatie is de algemene term voor omzetting van nitraat naar N2 (stikstof), Nitraat wordt gevormd door de oxidatie van stikstof, dit proces heet nitrificatie (ammonium → nitraat). Ammonificatie gaat hieraan vooraf, ureum (door middel van urobacteriën) en dood organisch materiaal worden omgezet in ammoniak, en daarna in ammonium.