Farmacognosie (Grieks: φάρμακον pharmakon: medicijn en γνῶσις gnosis: kennis) is de studie naar en de kennis van geneesmiddelen. Doorgaans wordt hier specifiek gedoeld op middelen van natuurlijke herkomst. Het vak is een deelgebied van de farmacie.
De farmacognosie richt zich op de studie van de fysieke, chemische, biochemische en biologische eigenschappen van medicijnen van natuurlijke oorsprong. Ook richt ze zich op de zoektocht naar nieuwe medicijnen van natuurlijke oorsprong. Farmacognosie omvat onder meer onderzoek op de gebieden van fytochemie, chemie van micro-organismen, biosynthese, biotransformatie en chemotaxonomie.