Protein Data Bank

Protein Data Bank
Type	databank
Taal	Engels
Registratie	optioneel
Eigenaar	Worldwide Protein Data Bank
Status	actief
Link	Officiële website
Portaal    Media

De Protein Data Bank (PDB) is een vrij toegankelijke database met gegevens van grote biomoleculen zoals eiwitten en nucleïnezuren. De PDB wordt beheerd door de organisatie Worldwide Protein Data Bank (wwPDB). De gegevens in de databank zijn voornamelijk afkomstig van experimentele methoden als röntgendiffractie, NMR-spectroscopie en cryo-elektronenmicroscopie, en worden aangeleverd door wetenschappers over de hele wereld. Alle structuurdata worden na indiening beoordeeld door deskundigen (biocurators), en na goedkeuring beschikbaar gemaakt in de database onder een vrije licentie.^[1]

De PDB is een belangrijke bron voor vele moleculaire wetenschapsgebieden zoals structuurbiologie en genomica. De meeste grote journals en organisaties, zoals de National Institutes of Health in de Verenigde Staten, eisen van wetenschappers dat ze hun structuurgegevens op de PDB plaatsen. Andere databanken maken gebruik van de gegevens in de PDB om eiwitten te classificeren volgens bepaalde patronen. Gene Ontology categoriseert de structuren bijvoorbeeld op basis van biologische functie en type cellulair proces.^[2]

1. ↑ (en) wwPDB, Consortium (2019). Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data. Nucleic Acids Res. 47 (D1): 520-528. PMID 30357364. PMC 6324056. DOI: 10.1093/nar/gky949.
2. ↑ (en) Berman, H. M. (January 2008). The Protein Data Bank: a historical perspective. Acta Crystallographica Section A A64 (1): 88–95. PMID 18156675. DOI: 10.1107/S0108767307035623.