Een stam van een micro-organisme is een verzameling micro-organismen die afstamt van één enkel geïsoleerd micro-organisme. Ieder micro-organisme bezit daardoor exact dezelfde genetische eigenschappen als het oorspronkelijke micro-organisme. De term stam heeft hier niets te maken met het begrip stam zoals gebruikt in de taxonomie.
Door middel van een reincultuur kan een zuiver isolaat worden verkregen van cellen van één enkele stam. Het kweken van een reincultuur kan dienen voor de identificatie van de stam bij diagnostisch onderzoek of bij taxonomie, of voor toepassing in de industrie en wetenschappelijk onderzoek.
Het begrip wordt gebruikt bij bacteriën, schimmels en virussen. Iedere stam behoort tot een bepaalde soort (zoals S. cerevisiea). Als precies bekend is wat de genetische verschillen zijn met die van andere stammen van dezelfde soort, krijgt de stam een eigen naam door toevoeging van een naam of letter-cijfercombinatie aan de soortnaam. E. coli K-12 is bijvoorbeeld een standaard laboratoriumstam van deze bacterie.