De vlag van Schoonhoven is op 16 juli 1962 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Zuid-Hollandse gemeente Schoonhoven. De vlag zou als volgt kunnen worden omschreven:
Rechthoekig met een lengte-breedteverhouding van 3:2, wit met vier klimmende leeuwen, afwisselend zwart en rood.
De vlag is gelijk aan de tekening op het schild van het gemeentewapen.
Op 1 januari 2015 ging Schoonhoven op in de gemeente Krimpenerwaard. De vlag kwam daardoor als gemeentevlag te vervallen.