De vlag van Warffum werd op 31 oktober 1985 door de gemeenteraad van Warffum vastgesteld als gemeentevlag.
De vlag verviel als gemeentevlag toen in 1990 Warffum opging in Hefshuizen. Deze gemeente is in 1992 hernoemd tot Eemsmond. Sinds 2019 valt Warffum onder de gemeente Het Hogeland.