De vlag van Weerselo werd op 10 maart 1981 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Overijsselse gemeente Weerselo. Op 1 januari 2001 fuseerde Weerselo met Ootmarsum en Denekamp tot een nieuwe gemeente Denekamp. De naam van deze gemeente werd op 1 juni 2002 gewijzigd in Dinkelland.