Anniken er ein opphavleg lågtysk variant av det tyske kvinnenamnet Anneken, som er eit diminutiv av Anne. Namnet har dermed tydinga 'vesle Anne', der Anne er avleidd frå det hebraiske (C)hannah som tyder 'gunst' 'nåde'. Namnet kan òg skrivast Anicken, Annikken og Anikken, og finst også i varianten Annika.
Anniken har norsk namnedag den 9. desember, saman med Annette, som òg tyder 'vesle Anne'.