Autapomorfia – cecha zaawansowana występująca tylko w jednej grupie filogenetycznej. Termin „autapomorfia” został wprowadzony przez Williego Henniga i zdefiniowany jako „cecha apomorficzna charakterystyczna dla danej grupy monofiletycznej (i obecna tylko w niej)”[1]. Według powszechnie stosowanej definicji przedstawionej przez Arnolda Klugego autapomorfia to „nowość kodowana jako unikalna w zbiorze danych”[2]. W przeciwieństwie do synapomorfii autapomorfie, jako cechy filogenetycznie nieinformatywne, nie służą do testowania hipotez filogenezy[3].
Ole Sæther wprowadził koncepcję tzw. „podstawowej autapomorfii” (ang. underlying autapomorphy)[4] – przez niego określanej jako „podstawowa synapomorfia”[5][6] – czyli cechy charakterystycznej dla danej grupy filogenetycznej występującej tylko u niektórych jej przedstawicieli. Według Naomiego typowym jej schematem jest obecność u bazalnych przedstawicieli grupy cech prymitywnych, a u bardziej wyspecjalizowanych – cech zaawansowanych, które poprzez paralelizm ewolucyjny występują tylko wewnątrz tej grupy[4].
Autapomorfia na danym poziomie może być synapomorfią na niższym[7] – tak jak zdolność do wytwarzania mleka jest cechą odróżniającą (autapomorfią) ssaki od innych zwierząt, jak również cechą łączącą wszystkie ssaki (synapomorfią).
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie WH66
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie Kluge
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie EW77
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie Naomi
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie OAS79
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie OAS83
<ref>
. Brak tekstu w przypisie o nazwie UNCW