Kompartmenty – odrębne obszary, tzw. przedziały subkomórkowe w komórkach eukariotycznych, tworzone przez siateczkę śródplazmatyczną i organelle otoczone błoną.
Kompartmenty umożliwiają przebieg obok siebie w komórkach różnych procesów, często przeciwstawnych, np.: synteza cukrów w plastydach i ich rozpad w cytoplazmie.