Synaptogeneza – proces formowania się synaps, czyli połączeń między komórkami nerwowymi.
Synapsa powstaje w wyniku dwukierunkowych oddziaływań pomiędzy zakończeniem aksonu komórki nerwowej, a błoną komórki docelowej (innej komórki nerwowej lub komórki efektorowej, np. komórki mięśniowej), do której zakończenie to dociera w procesie zwanym wzrastaniem aksonów. Neurony, którym nie uda się wytworzyć połączeń, obumierają w procesie apoptozy, ponieważ nie otrzymują niezbędnych im do przeżycia czynników troficznych wytwarzanych przez komórki docelowe.
Największe nasilenie synaptogenezy obserwuje się we wczesnym okresie rozwoju (przed narodzeniem) podczas kształtowania się układu nerwowego, ale tworzenie się nowych synaps w układzie nerwowym zachodzi przez całe życie osobnika – proces ten leży u podstawy zjawiska zwanego neuroplastycznością.