A făcut studii de medicină generală și psihiatrie la Basel, a fost profesor la Facultatea de Medicină din Zürich și medic-șef la clinica psihiatrică universitară Burgholzli. Este cu precădere interesat de psihoterapia clinică și, concomitent, de cercetarea experimentală și teoretică. Între 1907 și 1912 colaborează intens cu Freud, acesta având o influență decisivă asupra lui Jung. Este atras în special de cercetările acestuia legate de isterie și de vise. Ruptura cu Freud este marcată de apariția lucrării Wandlungen und Symbole der Libido (1912), în care Jung încearcă o lărgire a orizontului de interpretare freudian și o implicită critică a acestuia. Această ruptură îl va duce la elaborarea unui sistem propriu de interpretare psihanalitică, axat pe reintroducerea culturii ca dimensiune fundamentală a omului și pe un ansamblu de concepte noi, deduse din experiența clinică.
Între 1921 și 1938 întreprinde călătorii de studii în Africa de nord, în lumea arabă, la indienii pueblo din Arizona și India.
În 1935 este ales președinte al „Societății elvețiene pentru psihologie și domeniile conexe“.
În 1944 se creează la Basel catedra de „psihologie medicală“ al cărei titular este Jung. În 1948, la Zürich, se înființează institutul Carl Gustav Jung, iar in 1958 „Societatea internațională de psihologie analitică“, având drept temă teoriile jungiene. Își petrece ultimii ani de viață la Bollingen, lângă Zürich, unde își redactează memoriile. La câteva luni după moartea lui apare Erinnerungen, Träume, Gedanken (Amintiri, vise, reflecții) consemnate și editate de Aniela Jaffe.