Pelagonija (makedonski: Пелагонија, grčki: Πελαγονíα) je bila jedna od regija antičke Evrope koja je vremenom postala deo Makedonskog kraljevstva.
Pelagonija se graničila sa antičkim pokrajinama Dardanijom na severu, Ilirijom na zapadu, Peonijom na istoku i Linkestisom na jugozapadu. Ovaj kraj nastanjivala su Tračko - Ilirska plemena: Pelagoni, Peonci, a od 1900. pre n. e. Ahajci i Eoljani.
Pelagonija je bila kolevka mikenskih plemena. U Pelagoniji je pronađeno puno predmeta iz pre - mikenskog razdoblja, poput dvostruke sekire, koja je tek kasnije pronađena u Mikeni. Ovi objekti su izloženi u Regionalnom muzeju Bitolja. Nešto kasnije ovaj kraj naselili su antički Makedonci.
Grčki istoričar, geograf i filozof, Strabo nazvao je Pelagoniju Tripolitis, radi tri tadašnja velika grada u Pelagoniji.
Danas se naziv Pelagonija koristi kao naziv za prostranu dolinu koju dele Republika Makedonija i Grčka. U njoj se nalaze makedonski gradovi Bitola i Prilep i grčki grad Florina. Ona je najveća kotlina u Republici Makedoniji. Smeštena je u jugozapadnom delu Makedonije i obuhvata prostor od oko 2.000 km² i njen pravac prostiranja je meridijanski (sever-jug) i obuhvata deo grčke teritorije.[1]