Prefekture predstavljaju najvišu jedinicu administrativne podjele Japana. Postoji ukupno 47 prefektura - jedna "metropola" (都 to), Tokyo; jedan "okrug" (道 dō), Hokkaidō; dvije gradske prefekture (府 fu) - Osaka i Kyoto; i 43 ostalih prefektura (県 ken). U japanskom se za sve njih koristi zajednički izraz todōfuken (都道府県?). Prefekture predstavljaju višu razinu državne uprave od gradova, manjih gradova i sela.
Prefekturom upravlja neposredno izabrani guverner (知事 chiji?). Uredbe i budžete za rad svake prefekture određuje jednodomna skupština (議会 gikai?) čiji se članovi biraju na mandat od četiri godine.
Po odredbama trenutno važećeg Zakona o lokalnoj autonomiji, svaka prefektura se dijeli na gradove (市 shi) i distrikte (郡 gun). Svaki distrikt se dalje dijeli na gradska naselja (町 chō ili machi) i sela (村 son or mura). Tako npr. Hokkaidō ima 14 podprefektura koje djeluju kao ogranci (支庁 shichō) prefektura. Druge prefekture također imaju ogranke koje obavljaju administrativne funkcije izvan sjedišta prefekture.
Prefekture su u Japan uvedene za vrijeme Meiji perioda u julu 1871. godine, kada su zamijenile dotadašnji sistem hanova. Ispočetka ih je bilo 300, da bi iste godine broj bio smanjen na 72. Današnji broj od 47 prefektura je uveden godine 1888. Za vrijeme savezničke okupacije su godine 1947. doneseni zakoni kojima su značajno povećane ovlasti prefektura u odnosu na centralnu vlast.