Proteinska banka podataka

Proteinska banka podataka, (engl. Protein Data Bank, PDB), je kolekcija 3D strukturnih podataka velikih bioloških molekula, kao što su proteini i nukleinske kiseline. Podaci su tipično dobijeni rendgenskom strukturnom analizom ili NMR spektroskopijom. Biolozi i biohemičari iz celog sveta doprinose stvaranju ove kolekcije. PDB je slobodno dostupan na Internetu. PDB nadzire organizacija pod nazivom Svetska proteinska banka podataka (engl. Worldwide Protein Data Bank, wwPDB).

PDB je ključni resurs u strukturno biološkim oblastima, poput strukturne genomike. Većina vodećih naučnih časopisa, i pojedine agencije za finansiranje, kao što je NIH u SAD, zahtevaju od istraživača da unesu njihove strukturne podatke u PDB. PDB sadržaj se smatra primarnim podacima, i postoje stotine izvedenih baza podataka koje kategorizuju podatke na razne načine. Na primer, SCOP i CATH kategorizuju strukture na osnovu strukturno tipa i pretpostavljenih evolucionih odnosa; a GO kategorizuje strukture na osnovu gena.^[1]

1. ↑ Berman, H. M. (January 2008). „The Protein Data Bank: a historical perspective”. Acta Crystallographica Section A: Foundations of Crystallography A64 (1): 88–95. DOI:10.1107/S0108767307035623. PMID 18156675.