Our website is made possible by displaying online advertisements to our visitors.
Please consider supporting us by disabling your ad blocker.
Doking (molekulski)
| Glosar dokovanja |
|---|
| • Receptor ili domaćin ili brava – Primajući molekul, najčešće protein ili drugi biopolimer. |
| • Ligand ili gost ili ključ – Komplementarni partner molekula koji se vezuje za receptor. Ligandi su najčešće mali molekuli ali mogu takođe da budu drugi biopolimeri. |
| • Doking – Računska simulacija kandidata vezivanja liganda za receptor. |
| • Mod vezivanja – Orijentacija liganda relativno na receptor kao i konformacija liganda i receptora kad su vezani jedan za drugi. |
| • Poze – Kandidat moda vezivanja. |
| • Vrednovanje – Proces evaluacije pojedine poze uzimajući u obzir intermolekulske interakcije kao što su vodonične veze i hidrofobne kontakte. |
| • Rangiranje – Proces klasifikovanja liganda. |
| edit |
U polju molekulskog modelovanja, doking je metod kojim se predviđa preferirana orijentacija jednog molekula u drugom kad su vezani jedan za drugi da formiraju stabilni kompleks.[1] Poznavanje preferentne orijentacije može da bude korisno u predviđanju jačine asocijacije ili afiniteta vezivanja između dva molekula koristeći na primer funkcije vrednovanja.
Asocijacije između biološki relevantnih molekula kao što su proteini, nukleinske kiseline, ugljeni hidrati, i lipidi imaju centralnu ulogu u prenosu signala. Relativna orijentacija dva interagujuća molekula može da utiče na tip proizvedenog signala (e.g., agonizam vs antagonizam). Doking je koristan u predviđanju jačine i tipa proizvedenog signala.
Doking se često koristi za predviđanje orijentacije vezivanja malih molekula (kandidata lekova) u njihovim proteinskim metama da bi predvideo afinitet i aktivnost malog molekula. Doking ima važnu ulogu u racionalnom dizajnu lekova.[2]
- ^ Lengauer T, Rarey M (1996). „Computational methods for biomolecular docking”. Curr. Opin. Struct. Biol. 6 (3): 402—6. PMID 8804827. doi:10.1016/S0959-440X(96)80061-3.
- ^ Kitchen DB, Decornez H, Furr JR, Bajorath J (2004). „Docking and scoring in virtual screening for drug discovery: methods and applications”. Nature reviews. Drug discovery. 3 (11): 935—49. PMID 15520816. doi:10.1038/nrd1549.
Previous Page Next Page
