Endosymbiontteorin är den idag dominerande teorin om hur uppkomsten av eukaryota celler har gått till. Teorin går ut på att mitokondrier och plastider (till exempel kloroplaster) en gång i tiden var frilevande prokaryoter (bakterier) som upptogs av andra prokaryoter och utvecklat ett liv i symbios. Det endosymbiontiska samarbetet mellan prokaryoterna har lett till utvecklingen av dagens eukaryota organismer.