Flagell (latin flagellum, piska) eller gissel[1] är en extracellulär organell som förekommer på vissa eukaryota och prokaryota celler. Flagellen liknar en piska till formen, därav namnet. Flageller ska inte blandas ihop med eukaryota cilier, som har samma struktur men andra funktioner.
På vissa celler, till exempel sädesceller, eller vissa protister (till exempel Chlamydomonas reinhardtii eller Trypanosoma brucei) har den som funktion att ge cellen förmåga att simma. På andra celler kan den ha som funktion att flytta på det omgivande mediet, till exempel i epitelceller i tarmarna eller i väggarna av luftröret.
<ref>
-tagg; ingen text har angivits för referensen med namnet ne