Sir William Henry Flower, född 30 november 1831 död 1 juli 1899, var en engelsk zoolog och läkare. Han blev en ledande auktoritet på däggdjur, särskilt på primaters hjärnor. Han stödde Thomas Henry Huxley i en viktig kontrovers med Richard Owen om den mänskliga hjärnan och kom att efterträda Owen som chef för Natural History Museum.
Han deltog som läkare under Krimkriget.