Bagaman ang mga anapsidang reptilya o anapsida ay tradisyonal na sinasalita na ang mga ito ay isang pangkat monopiletiko, iminungkahi na ang mga ilang mga pangkat ng reptilya na may mga bungong anapsid aay maaaring malayo lamang na magkakaugnay. Pinagdedebatihan pa ring mga siyentipiko ang eksaktong relasyon sa pagitan ng basal(orihinal) na reptilya n aunang lumitaw sa panahong Huling Carboniferous, ang iba't ibang mga reptilya ng Permian na may bungong anapsida at mga Testudines(mga pagong, pawikan at mga terrapin). Gayunpaman, kalaunang iminungkahi na ang tulad ng anapsidang bungo ng pagong ay maaaring sanhi ng rebersiyon kesa sa pinagmulang anapsida. Naniniwala ang karamihan ng mga paleontologo na ang mga Testudines ay nagmula sa mga reptilyang diapsida na nawalan ng mga temporal fenestrae nito. Ang mas kamakailang mga pag-aaral pilohentiko na nasa isip ito ay naglagay ng mga pagong sa loob ng diapsida.[2][3][4] Ang ilan ay naglagay ng mga pagong bilang isang kapatid na pangkat sa mga nabubuhay na arkosauro[5][6] o sa mas karaniwan sa loob ng Lepidosauromorpha.[7][8][9][10][11] Ang ilang mga modernong paleontologo ay naniniwala pa ring ang Testudines ang tanging nagpapatuloy na sangay ng sinaunang gradong ebolusyonaryo na kinabibilangan ng mga procolophonid, millerettid at pareiasauro,[12] bagaman ang pananaw na ito ay hindi pangkalahatang tinatanggap. Ang lahat ng mga pag-aaral molekular ay malakas na nagpapatibay ng paglalagay ng mga pagong sa loob ng mga diapsida. Ang ilan ay naglalagay ng mga pagong sa loob ng Archosauria,[13] o sa mas kaniwang ay isang pangkat kapatid ng mga nabubuhay na arkosauro.[14][15][16][17][18] Gayunpaman, ang isa sa pinakakamakailang mga pag-aaral molekular na inilimbag noong Pebrero 23, 2012 ay nagmumungkahing ang mga pagong ay mga diapsidanglepidosauromorph na pinakamalapit na nauugnay sa mga lepidosauro(mga butiki, mga ahas at mga tuatara).[19] Ang muling analis ng mga naunang piloheniya ay nagmumungkahing ang mga pagong bilang anapsida dahil ang mga ito ay nagpalagay ng klasipikasyong ito(ang karamihan sa mga ito ay nag-aaral kung anong mga anapsida ang mga pagong) at dahil ang mga ito ay hindi nag-sampol ng fossil at nabubuhay na taxa ng sapat na malawak sa pagtatayo ng kladograma. Ang Testudines ay iminumungkahing nag-diberhe mula sa ibang mga diapsida sa pagitan ng 200 at 279 milyong taon ang nakalilipas bagaman ang debate ay patuloy pa rin.[7][14][20] Ang karamihan ng ibang mga reptilya na may bungong anapsida kabilang ang mga millerettid, nycteroleterid, at pareiasauro ay naging ekstinkt sa Huling Permian sa pangyayaring ekstinksiyong Permian-Triassic. Gayunpaman, nagawa ng mga procolophonid na makapagpatuloy hanggang sa panahong Triassic.
↑Pough, F. H. et al. (2002) Vertebrate Life, 6th Ed. Prentice Hall Inc., Upper Saddle River, NJ. ISBN0-13-041248-1
↑deBraga, M. and Rieppel, O. (1997). "Reptile phylogeny and the interrelationships of turtles." Zoological Journal of the Linnean Society, 120: 281-354.
↑Li, Chun; Xiao-Chun Wu; Olivier Rieppel; Li-Ting Wang; Li-Jun Zhao (2008-11-27). "An ancestral turtle from the Late Triassic of southwestern China". Nature. 456 (7221): 497–501. doi:10.1038/nature07533. PMID19037315.
↑Constanze Bickelmann; Johannes Müller; Robert R. Reisz (2009). "The enigmatic diapsid Acerosodontosaurus piveteaui (Reptilia: Neodiapsida) from the Upper Permian of Madagascar and the paraphyly of younginiform reptiles". Canadian Journal of Earth Sciences. 49: 651–661. doi:10.1139/E09-038.
↑Katsu Y.; Braun, E. L.; Guillette, L. J. Jr.; Iguchi, T. (2010-03-17). "From reptilian phylogenomics to reptilian genomes: analyses of c-Jun and DJ-1 proto-oncogenes". Cytogenetic and Genome Research. 127 (2–4): 79–93. doi:10.1159/000297715. PMID20234127.
↑Crawford, N. G.; Faircloth, B. C.; McCormack, J. E.; Brumfield, R. T.; Winker, K.; Glenn, T. C. (2012). "More than 1000 ultraconserved elements provide evidence that turtles are the sister group of archosaurs". Biology Letters. 8 (5): 783–786. doi:10.1098/rsbl.2012.0331. ISSN1744-9561.