Bitki anatomisi veya fitotomi, bitkilerin anatomisinin incelenmesi için kullanılan genel terimdir. Başlangıçta bitki morfolojisini, bitkilerin fiziksel formunun ve dış yapısının tanımını içeriyordu, ancak 20. yüzyılın ortalarından itibaren bitki anatomisi, yalnızca iç bitki yapısına atıfta bulunan ayrı bir alan olarak kabul edildi.[1][2] Bitki anatomisi artık sıklıkla hücresel düzeyde araştırılmakta ve sıklıkla dokuların ve mikroskopi kesitlerinin alınmasını içermektedir.