Mikrobiyal koloni, katı bir besiyeri veya yüzey üzerinde, tek bir mikroorganizma hücresinin sürekli çoğalması ile oluşan, gözle görülebilir mikroorganizma kümesidir.[1] Bakteriler, mayalar ve küfler koloni oluşturabilirler. Eğer uygun bir yüzey mevcutsa bu mikroorganizmalar çözeltide dağınık olarak üremek yerine koloniyal olarak üremeyi tercih ederler.[2] Mikrobiyal koloniler milyonlarca klon hücreden oluşurlar. Mesela 12 saatlik bir Escherichia coli kolonisinde yaklaşık 107-108 hücre bulunur.[3]
Herhangi bir kontaminasyon yoksa, aynı kolonideki tüm hücreler tek bir ata hücrenin soyundan gelirler, yani genetik olarak birbirlerinin kopyasıdırlar. Koloni gelişimi sırasında ortaya çıkacak bir mutasyon bu kurala istisna oluşturabilir, fakat çok nadir görülen bir olaydır. Bu şekilde genetik olarak birbirinin aynısı bireyler içeren saf suşların elde edilmesi mikrobiyolojik çalışmalar açısından önemlidir. Saf suşlar, ilk elde edilen kolonilerin stok olarak kullanılıp, kültür besiyeri plaklarına tekrar yayılması ile elde edilir.