Kladogeneza (grč. κλάδος - klados = grana + γένεσις – jénnissi = rođenje, razvoj) je takav proces evolucije koji počiva na diferencijaciji (razgranavanju) tako da svaka veća evolucijska grana formira njene manje grane i grančice (clade). To je evolucijski (filogenetski) proces i adaptiv evolusije koji vodi ka razvoju bogatijeg diverziteta sestrinskih vrsta . Obično se javlja kada se nekoliko organizama nastani u novim, često udaljenim područjima ili kada životne promjene uzrokuju izumiranje nekih formi, koje otvara ekološku niša za preživjele.[1][2][3]
Događaji koji uzrokuju međusobno odvajanje takvih vrsta u više udaljenih područja i dalje mogu omogućiti da obje vrste da imaju jednake šanse za preživljavanje, reprodukciju, pa čak i da evoluiraju u prvcu ru bplje prilagođenosti njihovim životnim sredinama, nego dok su još uvijek bile dvije različite vrste.[4] Jedan od primjera kladogeneze danas su vrste na Havajima, na koje su prvi prganizmi dolutali preko okeana, nošeni morskim strujam i vjetrovima. Zbog evolucijske divergencije, većina današnjih havajskih vrsta nisu nađene nigdje drugdje na Zemlji. Kladogeneza je kontrastni pravac evolucije u odnosu na anagenezu, u kojoj postepene promjene vrsteavode ka zamjeni postojećih (predačkih), tj. u njoj nema grananja filogetskog stabla.