Sekvenciranje DNK

Sekvenciranje DNK je proces određivanja sekvenci nukleinskih kiselina – redoslijeda nukleotida u molekulama DNK. Uključuje bilo koji metod ili tehnologiju koja se koristi za određivanje redoslijeda četiri baze: adenin, guanin, citozin i timin. Pojava brzih metoda sekvenciranja DNK uveliko je ubrzala biološka i medicinska istraživanja i otkrića.^[1]^[2]

Poznavanje sekvenci DNK postalo je neophodno za osnovna biološka istraživanja, DNK Genografski projekti ma i u brojnim primijenjenim poljima kao što su medicinska dijagnoza, biotehnologija, forenzička biologija, virologija i biosistematika. Uspoređujući normalne i mutirane sekvence DNK mogu se dijagnosticirati različite bolesti, uključujući različite tipove raka,^[3] karakterizira repertoar antitijela, a može se koristiti za usmjeravanje liječenja pacijenata.^[4] Posjedovanje brzog načina sekvenciranja DNK omogućava bržu i individualiziraniju medicinsku njegu i identifikaciju i katalogizaciju više organizama.

Povećana brzina sekvenciranja postignuta modernom tehnologijom sekvenciranja DNK bila je ključna u sekvenciranju kompletnih sekvenci DNK, ili genoma, brojnih tipova i vrsta života, uključujući ljudski genom i druge kompletne sekvence DNK mnogih životinjskih, biljnih i mikrobnih vrsta.

Prve sekvence DNK dobili su akademski istraživači, ranih 1970-ih, koristeći mukotrpne metode zasnovane na dvodimenzijskoj hromatografiji. Nakon razvoja fluorescentnog metoda sekvenciranja DNK sekvencerom,^[5] Sekvenciranje DNK postalo je lakše i za veličine redova brže.^[6]

^ "Introducing 'dark DNA' – the phenomenon that could change how we think about evolution".
^ Behjati S, Tarpey PS (decembar 2013). "What is next generation sequencing?". Archives of Disease in Childhood: Education and Practice Edition. 98 (6): 236–8. doi:10.1136/archdischild-2013-304340. PMC 3841808. PMID 23986538.
^ Chmielecki J, Meyerson M (14. 1. 2014). "DNA sequencing of cancer: what have we learned?". Annual Review of Medicine. 65 (1): 63–79. doi:10.1146/annurev-med-060712-200152. PMID 24274178.
^ Pekin D, Skhiri Y, Baret JC, Le Corre D, Mazutis L, Salem CB, et al. (juli 2011). "Quantitative and sensitive detection of rare mutations using droplet-based microfluidics". Lab on a Chip. 11 (13): 2156–66. doi:10.1039/c1lc20128j. PMID 21594292.
^ Olsvik O, Wahlberg J, Petterson B, Uhlén M, Popovic T, Wachsmuth IK, Fields PI (januar 1993). "Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains". J. Clin. Microbiol. 31 (1): 22–25. doi:10.1128/JCM.31.1.22-25.1993. PMC 262614. PMID 7678018.
^ Pettersson E, Lundeberg J, Ahmadian A (februar 2009). "Generations of sequencing technologies". Genomics. 93 (2): 105–11. doi:10.1016/j.ygeno.2008.10.003. PMID 18992322.

[1] "Introducing 'dark DNA' – the phenomenon that could change how we think about evolution".

[2] Behjati S, Tarpey PS (decembar 2013). "What is next generation sequencing?". Archives of Disease in Childhood: Education and Practice Edition. 98 (6): 236–8. doi:10.1136/archdischild-2013-304340. PMC 3841808. PMID 23986538.

[3] Chmielecki J, Meyerson M (14. 1. 2014). "DNA sequencing of cancer: what have we learned?". Annual Review of Medicine. 65 (1): 63–79. doi:10.1146/annurev-med-060712-200152. PMID 24274178.

[4] Pekin D, Skhiri Y, Baret JC, Le Corre D, Mazutis L, Salem CB, et al. (juli 2011). "Quantitative and sensitive detection of rare mutations using droplet-based microfluidics". Lab on a Chip. 11 (13): 2156–66. doi:10.1039/c1lc20128j. PMID 21594292.

[olsvik1993-5] Olsvik O, Wahlberg J, Petterson B, Uhlén M, Popovic T, Wachsmuth IK, Fields PI (januar 1993). "Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains". J. Clin. Microbiol. 31 (1): 22–25. doi:10.1128/JCM.31.1.22-25.1993. PMC 262614. PMID 7678018.

[pmid18992322-6] Pettersson E, Lundeberg J, Ahmadian A (februar 2009). "Generations of sequencing technologies". Genomics. 93 (2): 105–11. doi:10.1016/j.ygeno.2008.10.003. PMID 18992322.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]