Un organisme anerobi facultatiu és un organisme, normalment un bacteri, que fa ATP per respiració aeròbica si està present l'oxigen però que en absència d'aquest és també capaç de canviar cap a la fermentació. En contrast, un organisme anaerobi obligat es mor en presència d'oxigen.
Alguns exemples d'organismes anaerobis facultatius són Staphylococcus (grampositiu), Escherichia coli (gramnegatiu), i Listeria (grampositiu). Certs fílums d'eucariotes són també anaerobis facultatius, incloent fongs com els llevats i molts invertebrats aquàtics com alguns poliquets.[1] També hi ha leucòcits que circulen pel corrent sanguini que són anaerobis facultatius. Aquests inclouen neutròfils, monòcits i macròfags tissulars.}
Les concentracions d'oxigen i de material fermentable en l'ambient influencien l'ús dels organismes de la fermentació en contra la respiració aeròbica.