Anatomie (z řeckého anatemnō, rozříznout) je obor, který se zabývá makroskopickou a mikroskopickou stavbou organismů. Z hlediska objektu zkoumání je oborem biologie nebo medicíny, lze ji rozdělit na anatomii lidského těla, anatomii živočichů a anatomii rostlin.
Pojem anatomie se obvykle užívá ve vztahu k anatomii lidského těla. Nicméně značné množství stejných či podobných struktur a tkání se nachází v celé živočišné říši, a tudíž pojem anatomie zahrnuje též anatomii jiných živočichů. K označení vědy zabývající se výhradně anatomií zvířat se někdy užívá slovo zootomie. Stavba a tkáně rostlin jsou rozdílné povahy, a tudíž jsou studovány v anatomii rostlin.
Anatomie je vědní disciplína, která se zabývá studiem struktur organismů včetně jejich soustav, orgánů a tkání. Popisuje vzhled a umístění jednotlivých částí těla, jejich stavbu, složení a vztahy mezi jednotlivými orgány či orgánovými soustavami. Anatomie se od fyziologie a biochemie značně liší. Tyto dvě disciplíny se zabývají zejména funkcemi jednotlivých částí těla a chemickými procesy, kterými tyto části procházejí. Anatom se tedy zajímá o tvar, velikost, umístění, strukturu, přísun krve a inervaci jednotlivých orgánů, například jater, zatímco fyziolog se zajímá o produkci žluči, roli jater ve výživě člověka a o regulaci tělesných funkcí.
Z určitého hlediska je anatomie příbuzná s embryologií a komparativní anatomií, která má blízko k evoluční biologii a fylogenezi. Anatomie lidského těla je jednou ze základních medicínských věd.
Na rozdíl od většiny ostatních vědních oborů se v anatomii důsledně rozlišuje terminologie (odborné názvosloví v širším smyslu) a v jejím rámci nomenklatura, přičemž neměnná anatomická nomenklatura v latinském jazyce je závazná od roku 1895.[1]
Anatomii rozdělujeme na makroskopickou a mikroskopickou. Makroskopická anatomie, též nazývána topografická anatomie, se zabývá zkoumáním částí těl živočichů bez pomoci přístrojů, tedy pouhým okem. Topografická anatomie zahrnuje také povrchovou anatomii. Mikroskopická anatomie používá k výzkumu optické přístroje. Mikroskopická anatomie studuje tkáně různých struktur (tato věda se nazývá histologie) a zabývá se i stavbou buněk.