Přírodní selen (34Se) se skládá z šesti stabilních izotopů: 74Se (přirozený výskyt 0,89 %), 76Se (9,37 %), 77Se (7,63 %), 78Se (23,77 %), 80 (49,61 %) a 82Se (8,73 %). Bylo také popsáno 26 radioizotopů a devět jaderných izomerů tohoto prvku. Nejstabilnější radioizotopy jsou 79Se (poločas přeměny 326 000 let), 75Se (119,78 dne), 72Se (8,40 dne) a 73Se (7,15 h). Všechny ostatní mají poločasy kratší než 42 minut, většinou pod 1 minutu. Radioizotopy s nukleonovým číslem 75 a nižším se většinou přeměňují beta plus přeměnou na izotopy arsenu, zatímco u 79Se a těžších radioizotopů převažuje přeměna beta minus na brom.[1]
Při ostřelování 72Ge a 76Ge alfa částicemi vznikají stabilní nuklidy 75As a 77Se za uvolnění vysokoenergetických elektronů.[2]