Metabolit (řecky μεταβολίτης, anglicky metabolite, česky přeměněný) je meziprodukt nebo konečný produkt látkové přeměny (metabolismu). Zúčastňuje se biochemických metabolických drah, kde je přeměňován na jednodušší nebo složitější sloučeniny, využit k získání energie nebo vyloučen jako odpadní látka z těla.
Metabolity jsou obvykle malé molekuly, v rostlinách nejčastěji ligandy a v živočiších bílkoviny. Někdy se jako metabolity označují produkty, které již nemají v daném organismu další využití a jsou vyloučeny močí nebo žlučí do střeva. Například hem jako součást krevního barviva, který již nemůže být v organismu využit, se mění na bilirubin, který se pak vyloučí žlučí.
Metabolity se dělí na primární a sekundární metabolity. Primární metabolity jsou látky nezbytné pro správné fungování organismu, podílejí se na jeho růstu, vývoji a rozmnožování. Sekundární metabolity se přímo nepodílejí na vývinu organismu, jsou však důležité pro jeho správné fungování.
Celkový úhrn metabolitů buňky v definovaném časovém okamžiku se nazývá metabolom. Tento systém složený z metabolických drah, které na sebe vzájemně navazují, je velmi složitý a citlivý. Různé vnější vlivy a vedlejší reakce mohou způsobit poškození metabolitů nebo dokonce celého metabolomu.