Der har været mennesker i området ved Frederikshavn i mange tusinde år. Man har arkæologiske fund fra stenalder til vikingetid. I landskabet rundt om byen findes der levn fra disse mennesker i form af talrige gravhøje, langdysser og jernaldergrave. Ved kystområderne og på den hævede havbund er der fundet skibsvrag fra den tidlige middelalder.