John Clifford Pemberton (10. august 1814 – 13. juli 1881), var karriere officer i den amerikanske hær og general i sydstatshæren under den amerikanske borgerkrig. Han huskes for nederlaget ved Vicksburg.
Pemberton blev født i Philadelphia i Pennsylvania. Han fik sin eksamen fra West Point i i 1837, gjorde først tjeneste i artilleriet og dernæst i den Mexicansk-amerikanske krig.