Eine Arzneimittelkommission ist ein mit Fachleuten besetztes Gremium, das Empfehlungen in der Anwendung von Arzneimitteln gibt. In Deutschland spielen die Arzneimittelkommissionen der Kammern der Heilberufe eine wichtige Rolle unter anderem in der Pharmakovigilanz, während in der Schweiz die Eidgenössische Arzneimittelkommission beurteilt, welche Arzneimittel auf die Spezialitätenliste der durch die Krankenkassen erstattungsfähigen Arzneimittel gelangen.
Außerdem gibt es oft an Krankenhäusern Arzneimittelkommissionen, die festlegen, welche Arzneimittel in der Klinik durch die Krankenhausapotheke vorgehalten und durch Ärzte routinemäßig verordnet werden sollen. Sie können die Verwendung gekaufter Arzneimittel bei klinischen Versuchen genehmigen.