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| Challenge League 2012/13 | |
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| Meister | FC Aarau |
| Aufsteiger | FC Aarau |
| Absteiger | AC Bellinzona (Zwangsabstieg) |
| Mannschaften | 10 |
| Spiele | 180 |
| Tore | 523 (ø 2,91 pro Spiel) |
| Zuschauer | 261'649 (ø 1454 pro Spiel) |
| Torschützenkönig |  Armando Sadiku(FC Lugano) (20) |
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Die Challenge League 2012/13 war die 116. Spielzeit der zweithöchsten Schweizer Spielklasse im Fussball der Männer. An der Challenge League nahmen nach der Reduktion zehn Mannschaften teil, die alle schon in der vorherigen Saison in der Challenge League gespielt hatten, da es aufgrund der Reduktion keine Aufsteiger gab und aufgrund des Konkurses von Neuchâtel Xamax in der vorherigen Saison auch keinen Absteiger. Der FC Aarau gewann die Meisterschaft mit grossem Vorsprung und stieg Ende Saison in die Super League auf. Der Tabellenzweite AC Bellinzona erhielt Ende Saison keine Spiellizenz für die Challenge League und musste anstelle des FC Locarno in die 1. Liga Promotion absteigen.